在1984年由原来的南京大学环境科学研究所环境生物学、环境化学和环境规划与管理为主体成立了环境科学系，环境微生物学从生物系微生物方向分离出来，该课程即作为环境科学系专业核心课程，由马文漪老师讲课，面向环境生物学、环境化学和环境规划与管理专业大三学生开设，已有20多年的历史，1993年以后，由马文漪老师和杨柳燕老师轮流授课。1999年环境学院成立以后，共有环境生物、环境化学、环境规划与管理和环境工程四个专业（方向），为适应学科发展的需要，培养高素质人才，2002年起，经过课程调整，该课程成为环境学院全院的专业核心课，对环境生物学、环境化学和环境工程专业的本科生开设，由杨柳燕老师和肖琳老师等轮流授课，杨柳燕老师和蒋丽娟老师担任实验指导老师 。
    在本课程的开设中，先后编写出版2本教材和1本实验教材。该课程在开设之初，选用武汉大学和复旦大学的《微生物学》和王家玲先生的《环境微生物学》两本教材进行授课，1998年，为了适应环境微生物学面向环境科学和环境工程背景学生的授课需要，马文漪、杨柳燕编写的《环境微生物工程》于1998年由南京大学出版社出版，使用至今，仍然受到好评。
    2002年，杨柳燕、肖琳在原有教材的基础上，扩充了大量近年来在环境微生物学研究的进展，编写的《环境微生物技术》由科学出版社出版。2004年，又在南京大学“985工程”一期的资助下，编写并由中国环境科学出版社出版了《环境微生物学实验技术》作为配套的实验教材，同时，对于基础微生物学部分采用“Brock's Biology of Microorganism  9TH”（Prentice Hall，1999）为参考教材。2007年《环境微生物学》课程被评为南京大学精品课程。
    经过十余年的努力，该课程已在教学体系和内容、教学模式和方法、配套实验教学等方面形成了一套完善的教学体系，形成了一支稳定的教师队伍和教学梯队。形成本校具有特色的课程结构、知识点和授课系统。经过数年的实践教学和改进，该课程新的框架基本成熟，已经编撰出版了具有本校特色的《环境微生物技术》教材及配套的实验教材《环境微生物实验技术》。