作为环境学院的环境生物学和非环境生物学专业的基础课程，《环境微生物学》改革的根本目标是培养学生的环境及微生物科学方面的创新思维方式，在自身专业的发展中，对课程内容、授课方式和评价系统进行不但改革，努力建立跟上时代发展步伐的教学体系。

　　1、教学改革
    随着教育的发展，如何进一步提高本科教学质量，其根本措施在于深化教学改革。我们进行的教学改革重点在教育理念和教学模式。
    ① 研究性教学理念创新
    《环境微生物学》作为专业基础课程，其改革的重点是教学理念的创新。多年来，我们在课程的教学中，坚持探索研究性教学理念，即根据不同专业的特点，研究和探索新的教学内容和方法，以使不同专业背景的学生的需求能得到满足。担任《环境微生物学》课程的教师，在钻研提高自身专业水平的同时，研究环境化学和环境工程等的专业背景特点，以及与环境微生物学的关系，这样，在教学过程中，能够将环境微生物学与相应的专业知识融合，使不同专业的学生真正从该课程中提高创新能力。同时，对于微生物基础知识部分采用原版教材作为课件，提高学生直接阅读外文资料的能力，并不时邀请微生物学特别是环境微生物学方面的专家进行授课，直接把最新的研究成果带入课堂。
    ② 课程体系优化与教材建设
    我们在该课程的教学中，采取了研究性教学理念和“开放式、研究性”教学模式，并始终将教材建设放在重要的位置。编写基础概念准确，同时又能反映环境微生物学发展趋势、科学性、趣味性强的教材显得十分重要。我们早在1998年就在老一辈老师的组织下编写了有特色的《环境微生物工程》教材，由南京大学出版社正式出版。此书出版后被多所学校作为学生教学用书，受到使用者的好评。2003年，为将环境微生物学研究出现的跨越式成果总结和反映在新的教科书中，我们又组织教师编写了《环境微生物技术》，由科学出版社正式出版。此后，在2004年，我们又在学校专项经费的资助下，编写了实验课的配套教材《环境微生物实验技术》，由中国环境科学出版社出版。在短时间内我们连续编写出版了理论课及实验课的教材，体现了我们对此门课程的重视和力抓的决心。

    2、教学研究促进教学
    在进行教学理念创新和教学模式创新的同时，我们积极组织教师广泛深入开展教学研究，包括教学方法的研究、第二课堂研究、考试方法改革等。近年来，我们获得南京大学985专项教材建设经费支持、2007年获南京大学校级精品课程建设经费支持，积极进行教学研究，并有力地促进了教学水平的提高和教学改革的进行。

　　3、教学研究取得的主要成果
    2000年以来我们在教学改革中取得了如下主要成果：
  （1） 出版教材三部
   ① 杨柳燕，肖琳主编，《环境微生物技术》，科学出版社，2003
   ② 肖琳，杨柳燕，尹大强，张敏跃主编，《环境微生物实验技术》 ，环境出版社， 2004
   ③孔志明，杨柳燕，尹大强，程树培. 现代环境生物学实验技术与方法. 中国环境科学出版社，2005.12
  （2）南京大学精品课程：2门：
   ① 杨柳燕，《环境微生物》，本科生精品课程；
   ② 杨柳燕，《高级环境微生物学》，研究生精品课程；